Через день, 23 декабря 2010 года, Квачков был вновь арестован, на этот раз по обвинению в организации вооружённого мятежа в России и терроризме. 8 февраля 2013 года Московский городской суд признал Квачкова виновным в предъявленных ему обвинениях и приговорил его к 13 годам колонии строгого режима, при этом воинского звания Квачкова не лишали[4]. 18 июля 2013 года Верховный Суд РФ снизил срок с 13 до 8 лет[5]. 18 августа 2017 года Приволжский окружной военный суд в Самаре приговорил Квачкова к 1,5 годам лишения свободы[6]. 28 декабря 2017 года Верховный суд утвердил приговор и оставил в силе второй приговор[7].
7 февраля 2019 года Зубово-Полянский суд Мордовии постановил освободить Квачкова от наказания за экстремизм. Поскольку первая часть статьи 282 (экстремизм) перестала быть уголовным преступлением[8], суд постановил освободить Квачкова от отбывания наказания. Срок за попытку организации мятежа уже истёк. 19 февраля 2019 года Квачков вышел на свободу[9][10].
